腸結核好發于回盲部,依次為升結腸、空腸、橫結腸、降結腸、闌尾、十二指腸及乙狀結腸等處。偶爾也有位于直腸者。胃結核也有報道,但很少見。
結核菌侵入腸道后,其病理變化隨人體對結核桿菌的免疫力和過敏反應的情況而定。當感染的菌量多、毒力大機體過敏反應強時病變往往以滲出為主。并且可有干酪樣壞死,形成潰瘍,稱為潰瘍型腸結核。
如果感染較輕機體免疫力主要是細胞免疫力較強時,病變常為增生型,以肉芽組織增生為主,形成結核結節并進一步纖維化,稱為增生型腸結核。實際上兼有潰瘍和增生兩種病變者也并不罕見,稱為混合型或潰瘍增生型腸結核。