臨床上,大部分的肛瘺就是由于肛周膿腫引起的,因此內口多在齒狀線上的肛竇處,膿腫自行破潰或者切開引流處形成外口,位于肛周皮膚。由于外口生長速度比較快,膿腫常常呈假性的愈合,導致膿腫反復發作,破潰或者切開,形成多個瘺管或者外口,使單純性的肛瘺成為復雜性的肛瘺,肛瘺由反應性的致密纖維包繞,進管腔處為炎性肉芽組織,后期的時候腔內可以上皮化。
另外,肛周膿腫手術以后,也有一部分的患者會形成肛瘺。因此,許多的臨床醫生一般采用肛周膿腫切開引流術加上掛線術,這樣可以使膿腫完全的敞開,引流更通暢,避免了二次的肛瘺手術治療。術前要進行磁共振檢查,以確定膿腫的部位以及內口的位置,這樣能取得很好的臨床效果。