多指畸形目前比較明確的病因有多個方面,其中最主要的就是遺傳因素。父母一方或者雙方患有多指畸形時其子女患多指畸形的概率明顯要增大。父母一方或者雙方家族中有人患有多指畸形史,其子女發生多肢畸形的概率較正常家族史的嬰兒發病率要明顯增大。另外,懷孕頭三個月以內,也就是懷孕早期,母親接觸X線拍片或者CT,可以增加多畸形的發病率。
母親懷孕期間患有糖尿病,或者維生素缺乏性的營養性疾病也可以導致畸形增加。父母懷孕早期出現病毒性感染,可以導致嬰兒抬盤早期的發育畸形,使多指畸形的發病率增加。另外母親平時還嗜煙嗜酒,抽煙也可以導致多指畸形的發病率增加。