1.偏頭痛,叢集性偏頭痛發作與典型偏頭痛容易鑒別,但是與非典型性偏頭痛常不易鑒別,普通型偏頭痛發作時,有部分患者有視覺障礙或其他血管痙攣的表現,頭痛常是普遍性而不限于一側,也沒有連續和密集發作的特點,面部偏頭痛有些患者頭痛的部位雖然在面部或與叢集性頭痛的部位一樣,但疼痛一般較輕而持續時間較長。
2.血管性頭痛,叢集性頭痛發病機制是患者頭痛時頭顱外動脈擴張現象,因此傳統上列為血管性偏頭痛特殊類型,但本頭痛與內分泌紊亂無明顯關系,更年期發作不見減少,發作時血漿中5-羥色胺并不減少,而組胺升高,由于頸部血管對組胺超過敏反應所致,緊張、飲酒、服用硝酸甘油可以激發,亦有人認為缺氧也可以誘發。