維生素b1缺乏與多種神經精神障礙有關,它所引起的嚴重的典型的精神神經病綜合征是腳氣病和腦病。其病理變化主要從乳頭體、下丘腦、中腦導水管到第四腦室和小腦皮質等出現左右對稱性血管周圍內皮細胞肥厚,散發性出血等,并出現智力障礙,如涉及網狀結構,則出現意識障礙。
當維生素b1缺乏,伴發糖代謝障礙時,可出現腦水腫,神經癥狀是由于維生素b1缺乏時,腦和脊髓充血、水腫、變性等所造成。上述改變以周圍神經最為顯著,四肢神經、膈神經、顱神經及迷走神經末端也較容易受累,常出現末梢神經炎、眼球震顫、眼球運動障礙、共濟失調,偶有視網膜出血等。