傳統沙眼衣原體感染的疾病,有細胞學和培養方法進行診斷,但是有的時候細胞學和培養的方法,可能時效上不一定能保證,而且有時候可能病原體比較少的時候,也是檢查起來比較困難,現在核酸檢查的方法,沙眼衣原體核酸擴增,是更靈敏的首選的診斷方法。
其他的相關項目檢查是沙眼衣原體抗體,標本要求可以采集宮頸,陰道,男性尿道,首次晨尿標本,正常參考全是陰性的,主要是用來檢測沙眼衣原體,陽性的話表明存在沙眼衣原體,陰性的話是表明沒有檢測到標本當中的沙眼衣原體的反轉錄RNA,在性傳播疾病高發的地區,沙眼衣原體核酸擴增,陽性結果可能是真陽性,在低流行病區或只在病人的臨床癥狀體征和危險因素,與衣原體和淋菌性尿道感染不一致的情況下,要慎重的解釋陽性結果。