慢性腸炎臨床表現為長期慢性或反復發作的腹痛、腹瀉以及消化不良等癥狀,重者可有粘液便或水樣便,腹瀉程度輕重不一。輕者每日排便三到四次或腹瀉便秘交替出現。重者可每一到兩個小時一次,甚至出現大便失禁。部分患者可有夜間腹瀉或餐后腹瀉,直腸嚴重受累時可出現里急后重感、糞質多呈糊狀,會有大量粘液常帶膿血。
慢性胃炎大多數患者常無癥狀,或有程度不同的消化不良癥狀,如上腹隱痛、食欲減退、餐后飽脹、反酸等。慢性萎縮性胃炎患者可有貧血、消瘦、舌炎、腹瀉等。個別患者伴粘膜糜爛者上腹痛較明顯,并可有出血,如嘔血、黑便。癥狀常常反復發作無規律性腹痛,疼痛經常出現于進食過程中或餐后,多數位于上腹部,其中部分患者部位不規定,輕者間歇性隱痛或鈍痛,嚴重者為劇烈絞痛。