動脈導管未閉的危害主要與分流量的大小密切相關,由于出生后未閉合的動脈導管連接高壓的體循環系統和低壓的肺循環系統,兩者之間的壓力階差可達100毫米汞柱以上,因此血液便會從主動脈向肺動脈分流,從而使肺循環血流量增多,肺動脈及其分支擴張,結果回流到左心室的血流量也相應增加,致使左心負荷過重左心室變大最終發展為心力衰竭和肺動脈高壓。
因此,導管粗大分流量顯著的患者都在嬰兒期死于心力衰竭,而分流量較小的無癥狀患者多可生長到成年,但其中有45%的患者會在45歲之前死亡。動脈導管未閉的另一個常見并發癥是感染性心內膜炎,這是因為主動脈和肺動脈的壓力差值大,分流血液流速快,會沖擊心內膜病損傷內皮細胞從而容易發生感染性心內膜炎,一旦發生死亡率很高,此外小部分未閉的導管會給繼發性擴張形成動脈瘤,動脈瘤存在破裂風險。