嚴重臨床表現期可以出現嚴重反復和多發性細菌感染,比如有膿毒血癥、肺炎、腦膜炎、骨關節感染和深部膿腫。念珠菌感染可以累及食管、氣管、支氣管和肺,深部真菌感染可以成波散型。如果有隱球菌感染可以伴持續腹瀉一個月以上。巨細胞病毒感染發生于出生一個月內可以累及肝、脾、和淋巴結以外的區域。
重癥者還可以出現腦病,可以出現持續至少兩個月,并且找不到其他原因。單純皰疹病毒性黏膜潰瘍,可以持續一個月以上或單純皰疹病毒性支氣管炎、肺炎或食管炎。組織胞漿菌病可以累及肺、肺門和頸淋巴結以外的區域。還可以出現卡波西肉瘤、淋巴瘤。如果是結核病可以表現為肺外播散型,卡式肺囊蟲性肺炎也可以發生。