引起細菌性痢疾的病原體是志賀菌也稱為痢疾桿菌,是一種革蘭陰性桿菌,最適合在有氧的環境中生長。志賀菌分為四個群,依次是痢疾志賀菌、福氏志賀菌、鮑氏志賀菌、宋內志賀菌。
我國是以福氏志賀菌和宋內志賀菌占優勢的,福氏志賀菌的感染容易轉變成慢性,宋內志賀菌的感染引起的癥狀比較輕,大多是程不典型的發作,痢疾志賀菌的毒力是最強的,可引起嚴重的癥狀。
志賀菌存在于患者與帶菌者的糞便中,抵抗力是比較弱的,在糞便中數小時就可以死亡,但是在污染的物品以及瓜果、蔬菜上,可以存活10-12天。宋內志賀菌的抵抗力是最強的,痢疾志賀菌的抵抗力最弱。