任何手術都有風險,近視眼激光手術也不能完全避免并發癥,最常見的并發癥就是過度矯正或矯正不足,這些要經過一定時間觀察,酌情二次手術。部分人可出現眩光及夜間將一個光點看成光團光暈,可因術后角膜組織間輕微水腫反應,或夜間瞳孔較大,其邊緣與手術緣靠近有關。隨手術后時間推移而逐漸減輕,圓錐角膜在有這種潛質或者手術后角膜過薄的人身上出現。
因為注視目標不良,可能出現偏心切削或因眼角膜表面水氣漩的作用出現中心島,最嚴重的是手術眼角膜傷口的感染,雖然極少發生,確實可以致盲的直接原因,所以嚴格的手術消毒制度和患者良好的衛生習慣至關重要,手術后也應定期檢查眼睛。特別注意眼底黃斑區和周邊視網膜的變化,做到未雨綢繆。