在臨床上肛瘺可能會有以下幾點的癥狀,比如疼痛,若瘺管的引流通暢,一般患者可能感覺不到疼痛,會感覺到肛門墜脹不適的感覺,行走時可能會加重。若外口暫時的閉合或者是引流不暢,膿液積聚,出現感染造成局部的脹痛或者是一些跳痛的癥狀。患者傷口處會出現一些流膿的癥狀,膿液的多少與性質與瘺管的長短、粗細以及內管的大小都有很大的關系,一般初期流膿比較多,膿液的性質味臭、色黃,但是隨著時間延長,膿液可能會減少,或者是時有時無,呈間歇性的流膿。
患者也會出現一些瘙癢的癥狀,分泌物會反復的刺激周圍皮膚,造成皮膚的潮濕,瘙癢,甚至會引起肛門濕疹的疾病,出現皮膚的丘疹,或者是一些表皮的脫落,長期不愈可致使皮膚增厚,呈一些苔蘚的樣變。
還會造成患者排便不暢,一般肛瘺不影響排便,但是一些高位復雜性的肛瘺,或者是一些馬蹄型的肛瘺,一些炎癥刺激,會引起肛管直腸的纖維化,或者是瘺管圍繞肛管形成帶環狀的纖維條索,造成排便不暢。