小兒腸套疊分為嬰兒腸套疊,一歲以內者和兒童腸套疊,嬰兒腸套疊多為原發性腸套疊,陣發性哭吵,忽然出現陣發性有規律的哭鬧,持續約十到二十分鐘,伴有手足亂動,臉色蒼白,拒食、異常痛苦表現,然后有五到十分鐘或者更長時間暫時安靜,如此反復發作。嘔吐物為奶汁及乳塊或其他食物,后轉為膽汁樣,腹部包塊,在兩次哭鬧的間歇期間檢查腹部,可在右上腹肝下觸及蠟樣、臘腸樣、稍活動,并有輕壓痛的包塊。
右下腹一般有空虛感,果醬樣血便多發生在六到十二個小時,排血便早者發現在三到四小時即可出現,為稀薄樣果醬血便,數小時后可重復排出。全身癥狀依據早晚而異,早期面色蒼白煩躁不安,營養狀況良好;晚期患兒脫水、電解質紊亂、精神萎靡不振、嗜睡、反應遲鈍,發生腸化生時有腹膜炎表現,可出現中毒性休克等癥狀。