在正常情況下扁桃體對于維持機體健康有重要的作用,扁桃體的淋巴細胞和抗體能將病菌消滅或控制住,但是任何防御的力量都是有限的,當身體的抵抗力下降。如在寒冷和潮濕的環境,身體過度疲,勞營養不良,缺乏鍛煉等情況下,扁桃體的防御能力便會減弱,或者當病菌多次侵襲,特別是病菌數量大毒力強時,扁桃體會因為寡不敵眾而被病菌攻破占領發生炎癥,出現紅腫疼痛化膿。
輕者的熱咳嗽喉部不適,重者高燒不退呼吸急促甚至高熱驚厥,扁桃體炎若不及時治療,炎癥就會向周圍組織擴散并且可經血液播散到其它器官,引起鄰近器官的炎癥,還會引起全身性的病理反應,如繼發風濕熱、風濕性關節炎、風濕性心臟病、急性腎炎和無顯著原因的低熱,當然像扁桃體周圍膿腫、急性中耳炎、副鼻竇炎等并發癥也是時有發生的。