腦干腦炎是發生于腦干的炎性脫髓鞘病變,臨床上不多見,轉化為多發性硬化的幾率為30%到50%,多留有后遺癥。多發于青壯年,一般是一側或兩側腦干受累,多伴有顱神經損害、共濟失調、意識障礙,嚴重的會出現心煩氣躁、不安、嗜睡、肩背部及腿部的肌肉無力、雙重視覺、復視、語言和聽覺都會存在困難。部分的病人可能會存在昏迷不醒的現象。
但是,腦干腦炎所造成的損傷,會出現永久性的損害,很少有完全的恢復的。如果有恢復的,也是經過長時間之后才可以復原。但是,嬰兒或老年人大多會出現致命,同時會伴有共濟失調、永久性的神經系統后遺癥以及肌震顫,還有可能會出現呼吸困難、心力衰竭等,生存者大多會伴有行動的肢體的肌力的異常。