小腸套疊主要原因是局部器質性誘因和腸蠕動反常。其發病機制大多認為是由于腸蠕動失去其正常的節律性,腸環肌發生持續性局部痙攣,其近端則有劇烈的蠕動,逐步將痙攣段推入遠端腸腔內。指一段的腸管套入與其相連的腸腔內,并導致腸內容物通過障礙,腸套疊占腸梗阻的15%到20%,有原發性和繼發性兩類。原發性腸套疊多發生于嬰幼兒,繼發性腸套疊只多見于成人。絕大多數腸套疊是近端腸管向遠端腸管的套入,逆向的套疊較為罕見,不及種類數的10%。能引起腸蠕動紊亂的因素有腸炎、飲食改變、高燒等。
當腸壁存在有腫瘤或其他器質性病變時,蠕動波將腫瘤及病變腸管推向遠端時,牽拉該段腸管一起套住遠端的腸腔而引起腸套疊。