病因目前尚不清楚,但越來越多的研究表明,該病的發生與遺傳因素和環境有害因素共同作用有關,有一些農藥以及藥物與膈疝有關。在遺傳因素中最常見的為第十三、第十八、第二十一號染色體,三體異常。染色體結構的異常,包括有重復、缺失、倒置等等。
隨著研究的不斷深入,越來越多與膈疝有著密切聯系的基因被鑒定出來。但是至今為止,仍未明確某個或者某些基因為隔疝發病的病因。膈疝的主要病理生理特點是膈肌缺損、腹腔臟器上入胸腔壓迫肺臟,肺發育不良以及合并有其他畸形。在伴發畸形中,最常見的是心血管系統畸形,包括有心肌發育不良、房間隔以及室間隔缺損等等。