2019新型冠狀病毒最初的宿主可能會是蝙蝠,通過核酸的檢測發現,這種新型的冠狀病毒與蝙蝠所攜帶的一種SARS樣冠狀病毒非常接近,同源性高達85%。推測這種新型的冠狀病毒,可能來源于蝙蝠所攜帶的SARS樣冠狀病毒。但是是否是由于蝙蝠直接感染人類的目前來說并不清楚,有人推測這種新型冠狀病毒,可能是通過中間的宿主來感染人類的,有可能會是通過野生動物來感染人類的。
冠狀病毒廣泛存在于人類,禽類以及哺乳動物當中,最初的冠狀病毒肺炎的患者多數都去過華南海鮮市場。華南海鮮市場除了賣海鮮以外,還會賣一些野生動物,推測最初的冠狀病毒可能會來源于這些野生動物。