新生兒黃疸主要的并發癥有膽紅素腦病、敗血癥、新生兒肺炎等。膽紅素腦病為新生兒黃疸最嚴重的并發癥,多發生在生后一周內。主要是由于非結合膽紅素水平過高,透過血腦屏障,造成中樞神經系統功能障礙。如不經治療干預可造成永久性損害,出現膽紅素腦病后遺癥表現可有眼球運動障礙、聽覺障礙等。
膽紅素常造成基底神經節、海馬、下丘腦神經核和小腦神經元壞死。尸體解剖可見相應的神經核黃染,故又稱核黃疸。根據引起黃疸的具體原因,結合光照療法、換血療法、藥物療法、支持療法等及時把膽紅素值降下來,預防膽紅素腦病的發生,避免留有后遺癥。