肢端肥大癥需要與馬方綜合征相鑒別。該病為常染色體顯性遺傳性結締組織疾病,病變主要累及骨骼和心血管系統,患者身材高、四肢細長、缺少皮下脂肪,常有高度近視、晶狀體脫位和先天性心血管畸形等。另外,還應與先天性腎上腺皮質增生癥相鑒別,病人出現特征性第二性征和兩性畸形,生殖器過早發育,生長迅速,肌肉發達,體重增長快,骨骼發育加速,故青春期患者身材高于同年齡兒童,由于骨骼閉合較早,在青春期后身高反而低于正常人。
另外還應與體質性巨人相鑒別,該病常有家族史,可能與遺傳有關。身高雖然遠遠高于正常人,但身體各部發育較勻稱,性發育無異常,骨齡無延遲,蝶鞍不擴大,血漿生長激素不升高,無代謝障礙。