肛裂多數和以下疾病進行臨床鑒別:
第一、肛門皸裂,肛門皸裂是一種發病原因不太清楚的肛周皮膚病,多伴有肛門濕疹或者肛門瘙癢,有時候還會有肛門的皮膚性改變。由于肛周皮膚皮革樣改變,容易發生皮膚皸裂,但是這個疾病一般發生在肛周皮膚,與肛管沒有明顯的關聯,所以從部位上基本上可以鑒別診斷。
第二、克隆氏病引起的肛門潰瘍,它也會形成肛裂,但是它主要是以腸道的克隆氏病為臨床表現,會有反復性的腹痛,腹瀉,甚至有低燒。
第三、肛管結核性潰瘍,患者多有肺結核或者腸道結核的病史,而且潰瘍面比較不清晰,有時候會有膿性分泌物,通過病理檢查可以鑒別診斷。