不同類型的結膜炎在治療時應用的方法也不同。感染性角膜炎往往會在結膜囊內出現大量的分泌物,在治療前需要用生理鹽水或流動的清水,將分泌物清洗干凈。尤其是在晨起時,結膜囊里的分泌物會比較多,有時會將上下眼瞼粘住,此時需要首先將分泌物洗干凈,然后再應用相應的滴眼液和眼膏進行治療。其中細菌感染導致的結膜炎,應用廣譜抗生素滴眼液,比如左氧氟沙星滴眼液。
病毒感染導致的結膜炎,則需要應用抗病毒的藥物,比如阿昔洛韋滴眼液。而當發生過敏性結膜炎時,首先要查找到過敏原,脫離過敏原,然后再應用色甘酸鈉等抗過敏的藥物治療。