治療腦血栓的藥物有很多,目前比較常用的包括抗血小板、抗凝、腦保護藥物治療以及中藥制劑。在急性腦血栓患者如果沒有行溶栓治療的話,一般都在48小時之內,就要及時給予靠抗血小板治療,包括阿司匹林、氯吡格雷。
2周之后,按照二級預防的方案來選擇抗栓治療的藥物和劑量。抗凝治療包括肝素、低分子肝素和華法林,對于比較有明確高凝狀態形成深靜脈血栓,以及心房顫動的高危患者,可給予以上的抗凝治療。腦保護治療包括自由基清除劑,一些鈣離子通道阻滯劑,像依達拉奉、丁苯酞這樣的藥物,來降低腦代謝,干預缺血引起的這種細胞毒性機制。降纖治療療效尚不明確,包括像巴曲酶、降纖酶、安克洛酶,一般都需要在特定的時期進行應用,中藥制劑則包括像丹參、三七、葛根素、川芎等等。可以通過活血化瘀來改善腦血栓的癥狀,目前缺乏大規模的臨床實驗證據。