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南通市第二人民醫院是一所集醫療、保健、教學、科研、預防為一體的二級甲等綜合性醫院，現為南通大學醫學院教學醫院，南通市“十佳醫院”，南通市、通州市職工醫療保險定點醫院，國家級愛嬰醫院。醫院開放床位360張，職工487人，其中主任醫師15名，副主任醫師33名，具有中級職稱141人。醫院年門診量近15萬人次，出入院6000人次。
醫院醫療設備先進齊全、醫院環境清新優雅、住院條件舒適安靜、服務質量高效一流。院內布局合理，開設八個病區、二十二個臨床二級專科及潔凈手術室、產房、ICU、CCU等。病區內裝備有中央空調、中央吸引、中央監護，每間病室均設有獨立衛生間、閉路電視、外線電話及壁櫥家具等標準設施，院內四季綠樹成蔭、鮮花盛開、噴泉假山錯落有致。同時，醫院為塑造服務品牌，首家推行了“醫療服務滿意工程”，真正實現醫院環境“園林化”、病房“賓館化”、設施“現代化”、服務“人性化”。
醫院開設有南通市腦血管病康復中心、乳腺病診治中心、椎間盤鏡診療中心，與南京鼓樓醫院合作開展心臟病診治中心，與英國皇家矯形外科協會合作成立科靈國際骨關節病及人工關節置換中心，并與江蘇省腫瘤醫院建立長期技術協作關系。同時，醫院積極對外拓展，先后與周邊鄉鎮30多家基層衛生院建立業務合作。
醫院注重引進和開展先進技術，努力加強專科建設，形成眾多獨具特色的醫療技術，如：蘇北地區首家開展椎間盤鏡微創手術治療腰椎間盤突出，乳腺外科乳腺癌的早期檢查和系列治療，神經內科在全市唯一開展腦中風的早期康復治療，心內科開展冠脈造影、支架植入、射頻消融等介入技術治療冠心病及心律失常，婦產科的熱球儀微創治療子宮出血，普外科的腹腔鏡、膽道鏡不開刀治療膽結石，呼吸內科過敏性哮喘的過敏源檢測和脫敏治療，消化內科的食管曲張靜脈套扎治療上消化道大出血、食道球囊擴張支架治療食道良性狹窄，腫瘤科開展的介入治療、微波熱療，腎內科中西醫結合治療各種難治性腎病并開展血液透析治療，兒科的中西醫結合治療小兒厭食、小兒哮喘、小兒腹瀉，皮膚科采用中西醫結合治療老爛腿等。
在市內較有影響的專科有：市級重點專科一骨科，乳腺外科、神經內科、心內科、腎內科、消化內科、普外科、腦外科、兒科和市級重點建設專科一口腔科。
醫院走“科技興院之路”，大力開展科研，教學活動。每年開展的新技術、新項目、新療法近30項，科研項目3-5項，在各級各類雜志上公開發表或在學術會議上交流論文80篇左右。近兩年，醫院有一批科研項目、新技術項目獲省、市、局科技獎，其中獲省廳科技一等獎1項，新技術引進獎1項，市科技進步獎5項，局新科技獎8項，醫院現有南通大學醫學院兼職教授、講師38名，每年接收各類醫學院校實習生、基層醫院進修生近百名，良好的教學環境和較高的教學水平贏得了廣大醫學院校，實習進修生的廣泛贊譽。
醫院擁有一批先進水平的大中型醫療設備，如螺旋CT、DSA、數字化X光攝影機、數字胃腸機、乳腺鉬鈀機、彩色B超、全自動生化分析儀、特種蛋白分析儀、化學發光儀、血氣分析儀、各種纖維內窺鏡、腹腔鏡、椎間盤鏡、膽道鏡、膀胱鏡、血透機、呼吸機、全能麻醉機、高壓氧艙等現代化診斷治療設備。
兩年，醫院有一批科研項目、新技術項目獲省、市、局科技獎，其中獲省廳科技一等獎1項，新技術引進獎1項，市科技進步獎5項，局新科技獎8項
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