新型隱球菌還有格特隱球菌在免疫功能正常或免疫功能抑制的患者都可以導致隱球菌肺炎,感染的征象包括肺部單發或多發的結節,識辨和肺間質的改變,血清的隱球菌抗原多呈現一個陽性的,而且呼吸道標本有時候可以分離到隱球菌,對所有患者都要進行疾病播散的評估特別是事后有隱球菌性的腦膜炎,免疫功能正常的患者。
新型隱球菌所導致的輕中度的肺炎一旦除外腦膜炎的,我們可以使用手劑給予氟康唑,口服或靜脈滴注,然后隨后是可以給一個常規的劑量,免疫抑制患者的新型隱球菌肺炎或免疫功能正常的患者重癥隱球菌肺炎,都可以采用兩性霉素B和復方嘧啶進行聯合治療,誘導期治療療程至少是兩周,然后使用氟康唑進行鞏固和維持治療,格特隱球菌所導致的肺炎可以使用兩性霉素B,脫氧膽酸和兩性霉素B脂質體進行誘導治療。